SCR催化劑的氧化特性使燃用含硫煤的鍋爐的脫硝反應器也會將SO2氧化為SO3：2SO2+O2→2SO3。SO2氧化率受煙氣中SO2濃度、反應器溫度、催化劑質量、催化劑的結構設計及配方的影響。SO3的產生率正比于煙氣中SO2的濃度。增加反應溫度也會加快SO2的氧化，當溫度超過371℃時，氧化速率將迅速增加。

SO2氧化速率也與反應器中催化劑的體積成正比，因此，為獲得高的脫硝效率和低的氨逃逸而設計的反應器也會產生更多的SO3。

SO3與催化劑組分及煙氣組分反應，形成固體顆粒沉積在催化劑表面或內部，縮短催化劑壽命。SCR反應器產生的SO3增加了煙氣中SO3的本底濃度。

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